系统提供按科目表对比和按科目对比两种方式，按科目表对比只要设置好表头的科目体系、科目表及版本后即可进行对比；按科目对比则要在科目表版本对比的基础上选定某一具体科目，点击“科目对比”钮后执行对比。

科目主表中，除“所属科目表”、“助记码”、“默认币种”、“默认计量单位”、“汇总打印级次”和“末级科目”外，其他属性变化及科目的增、删、插入中间级均会反映；辅助核算项子表和受控系统子表中，只判断两个版本中的值是否实质上相同，对于项目的其他属性以及顺序等则不做比较。

对比后的显示顺序以界面中第一个版本的顺序为准；
两个版本相比时，变化的项目内容（包括第二个版本新增的科目）以红色标示。